雖然蔡賴配成局機率越來越高,但民進黨內對蔡賴配並非沒有雜音。據了解,以立委陳明文為首的英系、交通部長林佳龍領導的正國會系統,都是初選表態挺蔡的派系,並不樂見隸屬新系的賴任副手,較屬意無派系的副總統陳建仁連任,避免刺激各派系敏感神經。