立法院下午14時30分進行朝野協商，同時立法院群賢樓外也聚集上千位農田水利會的會員抗議。國民黨團立委和吳敦義都前往聲援。吳敦義表示，自己是南投子弟，體會到農田水利會的線，當年擔任縣長時，辦了很多農地重劃，有很多土地都是取自會員，農民捐出一部份的土地出來。
吳敦義接著說，如果民進黨政府講道理的話，尊重農民自治機關，就應該瞭解水利法的規定，1993年通過組織通則，明訂為公法人，數十年來不但服務供水，預算也是經過農委會核准，工程採購也都依照政府採購法，同時被農委會監督，但民進黨政府卻要把農田水利會改為公務機關，官派會長。
「霸道！」吳敦義痛批，民進黨一方面為了選舉綁樁、一方面又強取豪奪農田水利會，實在無法忍受，也認為今天不應該三讀「農田水利會組織通則」修正案。
「跟強盜土匪沒兩樣！」國民黨團總召林德福表示，民進黨要把農田水利會改作官派，是要讓農民過去的水路收歸國有，農民是最辛苦的，開國以來為地方、社會、國家付出，過去數十年農田水利會運作的很好，但民進黨收歸公有，實際上是變成民進黨的樁腳，會長都是民進黨派的，民進黨講得很好聽，說修法是改革，但實際上是侵佔農民權利，用水都要配合民進黨政府，都被他們控制。
國民黨團書記長林為洲說，農田水利會財產如果可以收歸國有，那農會、漁會未來都可以收歸國有，連地方成立的協會都可以收歸國有。林為洲說，原本所有的組織都是由會員直選選出會長或是理事長，村、里、社區等協會也是會員選舉，結果現在民進黨選輸，就乾脆要改為官派，還指控農田水利會會長都是國民黨的，「選不上就用派的，哪有這種道理？」
國民黨立委張麗善也說，農田水利會已經超過百年歷史，每一個灌溉排水都是農民自己出錢出力所興建的，今天民進黨竟然不聽基層農民的聲音，就要回收農民的財產，政府就像是土匪、強盜，搶奪人民的財產。原本水權由農民優先使用，如果改為政府機關，用水權利由政府調配，到時候工業用水就會凌駕於農業用水。國民黨立委也怒嗆「今天搶水利會，明天就搶到家裡了！」
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